這個問題從 Comic Studio / Manga Studio 就有了，
想出來的解法到現在 Clip Studio 還是能用。

之前要交稿時，才被告知我給的 pdf 檔版面大小不對。我應該要交 B5 (188*263mm) ，
但是我用 Comic Studio 輸出後的大小卻是更小的。
明明我輸出時都特別指定長寬了，但是輸出的東西卻還是那個小尺寸。
重點是輸出 PNG 就沒有問題。所以最後只能自己輸出 png 後再用其他方式串成 PDF。

我是用網點，所以選擇用 PNG 輸出。
檢查一下長寬欄位是自己想要的（我是原本就設定好所以我選第一個選項（原始大小）就ok，然後就輸出。
有時候輸出會少幾頁，需要檢查一下，真是 bug 不少。
好了以後應該會得到 20mb 的32個png（32頁 600dpi 19.00 cm * 26.5 cm）。

之後我用了 PDFill PDF tool 這套免費軟體，
安裝好後，先打開在上方 view 選單中的 unit 選 cm (公分)
然後用選項 9 Convert Images to PDF
把圖片都加入後，下方尺寸設 custom size 然後輸入19.00 cm * 26.5 cm （這邊是出血 0.5cm ，要是出血 0.3cm 的話記得調整。）
然後之後的欄位都填 0 （就是不要有留白空間）
最後輸出即可輸出 PDF 檔案

我手工製作的 PDF 只有 10mb，但是 ComicStudio輸出的pdf卻有 300mb ，還是錯的。
後來發現 Clip Studio Paint 甚至把 PDF 輸出功能拿掉了，囧。

2019年更新：

後來我直接下載 imagemagick 安裝，
在有 png 的資料夾建立一個 bat 檔案
內容是 magick *.png text.pdf
接著雙擊執行這個 bat 檔就能轉換PDF了。
省去上面許多設定的工作。